依據本會捐助章程第8條規定，本會設董事會。第6屆以前之董事會置董事19人，董事係就教育部指派之代表、地方政府教育行政人員、 學校教育人員、學生家長、社會熱心教育人士、民意代表等遴聘組成之。其中二分之一以上董事由教育部指派符合上開資格人員擔任，其餘由董事會選聘之。

為因應兩會整合作業，爰經與臺灣省教福會取得共識後修正捐助章程第8條、第10條，規定自第7屆董事會置董事21人，其中二分之一以上董事由教育部就教育 部主管人員、地方政府教育行政人員、曾任或現任公立中小學校校長（以下簡稱校長）、學生家長會長（以下簡稱家長會長）或相關教育人員、社會熱心人士等指派 適當人員擔任，其餘由董事會選聘之。董事之任一性別、校長及家長會長比例均不得低於三分之一；教育部國民及學前教育署署長與教育部督導國教署業務之次長為 當然董事。 因應108年2月1日公布實施之財團法人法，108年9月6日第8屆第1次臨時會議再修正捐助章程，規定自第8屆董事會置董事15人，其中二分之一以上董事由教育部指派適當人員擔任，其餘由董事會選聘之。

本會在董事會下置執行長1人，秉承董事長之督導，推行董事會決議之各項業務；因應業務之需要，執行長得提請董事長聘任副執行長1人輔助之。自105年1月 兩會整合後，原臺灣省教福會之財產及人員移撥本會，依據本會組織規程規定，本會設秘書組、業務組、財務組等3組，分別掌理有關事務。兩會整 併後本會接管臺北教師會館及日月潭教師會館，持續提供教職公出住宿、休閒遊憩及舉辦各項會議、研習、文教育樂活動之用。